История отсчитывается с 1632 года, когда в Амстердаме было основано учебное заведение Athenaeum Illustre («сиятельный Атеней»), где изучались история и философия; в том же веке в программу добавились право, медицина и богословие. До XIX века «Атеней» оставался небольшим училищем, там было не более 250 студентов и 8 преподавателей. В 1877 году преобразован в муниципальный университет Амстердама (нидерл. Gemeentelijke Universiteit van Amsterdam) и получил право выдавать учёные степени; также ему отошел Ботанический сад. Университет подчинялся городскому совету Амстердама, который в то время имел репутацию политически прогрессивного органа. В 1961 году университет перешёл в государственное подчинение. В 1960—1970-е не раз становился местом студенческих выступлений и борьбы за автономию.

 

Организационно состоит из семи факультетов:

гуманитарный

общественных наук и наук о поведении

экономический

правовой

естественных наук и информатики

медицинский

стоматологический

Кроме того, имеется Международная школа гуманитарных дисциплин и общественных наук (англ. International School for Humanities and Social Sciences, где преподавание ведётся только по-английски, Физический институт имени Яна ван дер Ваальса и Питера Зеемана, Химический институт имени Якоба Вант Гоффа и Астрономический институт имени Антона Паннекука.